尽管杰德信奉“悲剧就是将有价值的东西毁灭给人看”，但是将原本已经结痂且没有人愿意触碰伤口再度撕开的确是太残忍了。想到这，杰德深吸了一口气，敲开了斯皮尔伯格的门。

没有人知道杰德和斯皮尔伯格在房间里深谈一夜为的是什么，因为这部电影从开始筹拍开始，无论是斯皮尔伯格还是杰德都拒绝有纪录人员侧拍这部电影的拍摄工作，也没有安排文字记者随行采访，所以有关这部电影的拍摄过程一直就成了电影史上的谜。无论是斯皮尔伯格还是杰德，都没有在各自的回忆录详细描述这次拍摄过程。但是两人在回忆这段拍摄经历的时候，用的最多的词语就是“痛苦”和“救赎”。

因为杰德和斯皮尔伯格都赞同不在奥斯维辛集中营取景，因此剧组必须在附近的地方搭建这个场景。好在这部电影不仅得到了全美犹太人协会的支持，德国政府和波兰政府也对这部电影表示了密切关注。在大量人力和物力的支持下，一个仿真的集中营在不到一周的时间里便基本搭建完成。虽然这个集中营是仿建自奥斯维辛集中营，但是由于是全新建筑，无论是导演还是演员，都没有觉得难以融入到场景里去。在拍摄手法上，斯皮尔伯格接受了杰德的建议，采用黑白胶片和手持摄像机拍摄，因此让整部电影看上去仿佛一个真实的回忆。

其实对于这部电影的痛苦拍摄过程，杰德早有了准备，但是他没有料到现实居然如此残酷。虽然德国政府对于那段历史有深切的反省，可是东欧国家在苏联阵营的时候不知道因为什么原因并没有反思“纳粹主义”和“反犹主义”。就在《辛德勒的名单》拍摄基地波兰的克拉科夫，剧组会时不时地受到“反犹主义”份子的骚扰。每天早上去剧组的时候，经常会在剧组外围看到一些反犹的标志和口号，这让原本心情沉重的剧组变得越发难过起来。

杰德不得不在一次剧组会议上呼吁道：“我们拍摄这部电影的目的就是为了让那些人知道在历史上曾经真实发生过多么恐怖的事情！而这些悲剧在最开始的时候就是因为他们自认为无害的标语开始，所以，我们必须无视他们的骚扰，将这部电影拍摄完成。等到这部电影上映的时候，等到他们看到这部电影的时候，如果他们内心还有良知的话，他们会忏悔的。”

事实上剧组成员的痛苦远远赶不上斯皮尔伯格的痛苦，因为整部电影等于是将那场可怕的悲剧再度呈现出来。而导演这场悲剧的人却换成了受害者斯皮尔伯格，这等于是将斯皮尔伯格内心的伤疤撕裂开在撒上一把盐。因为杰德早就知道斯皮尔伯格的情绪可能无法坚持，因此他不仅安排斯皮尔伯格家人一直在剧组陪伴他，还安排了心理医师随时对斯皮尔伯格进行干预。遇到一些异常残忍的镜头，斯皮尔伯格只能委托杰德去拍摄，因为他觉得他已经没有任何勇气去直面那些镜头。相反，由于杰德没有亲历过，反而能拍摄得比较顺利。

“今天的拍摄让我感到十分的痛苦。”杰德在在他的私人日记里写道，“今天的这个镜头让我不忍卒睹，我甚至想将这个镜头删减掉。但是斯皮尔伯格先生告诉我，这是一个真实的故事，我必须将它拍出来。我让饰演纳粹的医生反复折磨一个饰演犹太老人的演员，甚至那个饰演医生的演员都于心不忍了。但是我告诉他，你必须在镜头里收起你的同情心，因为你饰演的是没有同情心的人，如果你在镜头前表现出了你的同情心，那么你就在侮辱那段历史！他按照我的要求做了，他折磨那个老人，并不断羞辱他，最后还强迫他裸身在场景里拍摄。这个镜头让我无法去看监视器，甚至连剧组成员都纷纷避开了这次拍摄。拍摄结束之后，饰演医师的那名演员说他需要心理医师和牧师，他说他为他今天所做的一切感到难过，他要忏悔。我去看望了那么老人，他说如果他的演出能警示后人的话，那么就值得了。”

由于当年拍摄《辛德勒的名单》所留下的资料非常少，因此杰德的私人日记就成了研究这部电影拍摄过程的第一手资料。有后世的研究人员指出，杰德的私人日记一向都是非常积极的，但惟独在拍摄《辛德勒的名单》时，那段时间的日记字词都非常消沉。有人认为，正是由于杰德参与了《辛德勒的名单》的拍摄，让他以后的作品都多了一丝悲天悯人的情绪。而不像他早期的作品，除了批判和嘲讽之外，极少有任何同情的情绪。

因为电影是采用黑白胶片拍摄，因此对演员的妆容和服装都有了更大的挑战。毕竟彩色电影中，不同的颜色可以表现出不同的情绪，而且颜色与颜色之间的差别可以很好地区分人物和场景，以及各个人物之间的特征。但是在黑白电影中，摄影只能通过颜色的深浅和光影的变化来区分这一切。为不让角色被淹没在人海或场景中，因此每个演员的服装都要精心挑选。好在摄影师贾努兹卡明斯基和艺术指导艾伦斯达斯基两人的工作颇有成效，他们不仅解决了拍摄时会遇到的问题，还教会了原本并不擅长黑白片的剧组适应黑白片。